Сложившиеся гидрометеорологические условия способствовали его сравнительно раннему началу (в среднем, на пять дней раньше среднемноголетних сроков). В 2016 г. половодье началось 30 марта.

О начале половодья свидетельствует медленное, но устойчивое увеличение расходов Оки, которая вносит основной вклад в формирование бокового притока в Чебоксарское водохранилище. За последние два дня прирост бокового притока составлял ежесуточно 90 м3/с, в начале месяца — всего 10-20 м3/с.

До 10 апреля станция работает в режиме поддержания уровня воды в Чебоксарском водохранилище в пределах разрешенных отметок 62,5 — 63,3 м. Данный режим работы установило Федеральное агентство водных ресурсов с учетом рекомендаций Межведомственной оперативной группы (МОГ) по регулированию режимов работы Волжско-Камского каскада водохранилищ. В настоящий момент уровень верхнего бьефа составляет 63,10 м, нижнего — 51,60 м. Станция пропускает воду исключительно через работающие гидроагрегаты.

На Чебоксарской гидростанции работает паводковая комиссия, проверяется оборудование, гидротехнические сооружения, оперативно-диспетчерская связь, локальная система оповещения населения. Проходят противоаварийные тренировки оперативного персонала, сформированы дежурные бригады. Ведется ежесуточный контроль гидрометеорологической обстановки, мониторинг уровней воды в верхнем и нижнем бьефах гидроузла. Для оперативного реагирования организовано информационное взаимодействие Чебоксарской ГЭС с департаментом экологической безопасности, природопользования и защиты населения Республики Марий Эл, Верхне-Волжским бассейновым водным управлением, Росгидрометом, территориальными органами МЧС Чувашии и Марий Эл, администрацией Новочебоксарска, ГУП "Биологические очистные сооружения", Чебоксарским районом гидротехнических сооружений и судоходства.