На территории "Заповедной Мордовии" и прилегающих территориях отмечено 15 видов птиц, включенных в Красную книгу России, и 42 вида, включенных в Красную книгу Мордовии. В национальном парке "Смольный" традиционно проверялись места гнездования и определялась успешность размножения таких редких для России видов, как орел-могильник, орлан-белохвост, большой подорлик, змееяд, серый сорокопут, филин, степной лунь. На весеннем пролете отмечены большой кроншнеп, большой веретенник, кулик-сорока. В Мордовском заповеднике найдено новое гнездо орлана-белохвоста, занесенного также в Красную книгу Международного союза охраны природы (МСОП), зарегистрированы два места обитания большого подорлика. Впервые за долгие годы найдены места гнездования серого сорокопута. Ранее единственная встреча выводка этого вида была отмечена в далеком 1936 году. В двух точках заповедника госинспекторами и научными сотрудниками зарегистрированы встречи черного аиста, однако гнезд пока найти не удалось.

Из редких для Мордовии видов встречены лебедь-шипун, орел-карлик, дупель, клинтух, белая сова, зеленый и трехпалый дятлы, обыкновенный ремез и многие другие. Найдены новые места гнездования мохноногого сыча. Впервые для Мордовии доказано гнездование одной из самых маленьких и редких сов — сплюшки. На территории национального парка и частично заповедника обследованы места обитания серого журавля и определена успешность его размножения.