Митрополит скончался в городской больнице, где находился в реанимации после диагностирования двусторонней пневмонии. Ему было 89 лет.

Владыка Варнава 44 года служил на Чебоксарской кафедре. При нем было восстановлено 7 монастырей и Чебоксарское Духовное училище, открыто 210 приходов.