Лабораторное отделение площадью 1000 кв. метров оборудовано согласно всем нормативным требованиям, предъявляемым к лабораториям с условиями работы II–IV групп патогенности микроорганизмов (в том числе и новой коронавирусной инфекции). Оно объединяет на своих площадях микробиологическую, иммунологическую,  клинико-диагностическую и генетическую лаборатории.

"Современный лабораторный университетский комплекс жизненно необходим Оренбуржью. Это одновременно научно-исследовательская база для ученых и учебный комплекс для студентов и действующих медработников. Регион должен быть готов к таким вызовам, как пандемия. И одна из важнейших стратегических задач для этого — современная лабораторная, исследовательская база, — подчеркнул губернатор Оренбургской области Денис Паслер. — Вуз и региональное министерство здравоохранения, объединившись, показали хороший результат".

Микробиологическая лаборатория по уровню биологической безопасности соответствует не только отечественным, но и международным стандартам. Планировочные решения с боксовой системой полностью обеспечивают поточность движения инфекционного материала и персонала. Впервые в области решен вопрос подачи подготовленного стерильного воздуха в рабочие помещения и его полной микробиологической очистки при удалении. Системы водоснабжения и канализования защищены специальными дополнительными устройствами.

В составе лаборатории выделены три группы помещений, соответствующие трём направлениям деятельности: ПЦР-диагностика, иммунологические исследования и классическая микробиологическая диагностика инфекционных заболеваний с применением бактериологических, паразитологических и вирусологических методов.

В ближайшее время здесь запустят блок проведения ПЦР-исследований  диагностики COVID-19. Стартовая мощность — 200 исследований в сутки с постепенным увеличением объема исследований при необходимости.

Впервые на территории области для целей диагностики COVID-19 будет применён роботизированный комплекс для автоматического выделения нуклеиновых кислот с высокой производительностью — до 100 проб за 2 часа. Для сравнения, за 3 часа работы лаборант в среднем делает 24 пробы.